楊碧川初中時代就讀臺灣省立臺北成功中學^[1]，讀了鄭學稼的著作《史達林真傳》，就對托洛茨基深感興趣，並且痛恨史達林及其官僚集團。^[2]

1970年，楊碧川涉及「飛虹盟事件」，組織「飛虹盟」（一說「飛虹會」）計劃推翻中華民國^[1]，被臺灣警備總司令部以「蓄意顛覆政府」為由逮捕，在綠島服刑至1977年出獄，服刑期間向黃明宗（黃華）學習英文、向江漢津學習馬克思主義，自嘲「火燒島^[3]大學畢業」。楊碧川出獄後，曾做工維生，繼續投入反抗中國國民黨政權的運動，也鑽研台灣史與世界史，尤其醉心於社會主義思想史，把台獨左派當成最高理念。^[4][5]之後，當時國立台灣大學（台大）學生李文忠安排楊碧川到台大學生社團講授台灣史與世界史，楊碧川因此認識學運世代。1984年，《新潮流雜誌》（The Movement）創刊^[6]，楊碧川等18人同任創刊編輯委員，合稱十八飛鷹；但1986年9月28日民主進步黨建黨後，楊碧川從未加入民進黨。^[7]

1987年，在柯旗化鼓勵下，楊碧川發表自己的第一本台灣史著作《簡明台灣史》。2002年至2004年，楊碧川在好友趙天儀安排下，擔任靜宜大學歷史學系臨時講師，時薪新台幣580元。2004年，楊碧川開始向靜宜大學歷史學系辦公室申請轉任教授，然而礙於中華民國教育部的法規而無法如願，他拒絕續任臨時講師。^[4]

2006年6月9日，楊碧川完成以扁家弊案為題材、模仿中華民國總統陳水扁語氣寫成的諷刺小說《我無罪》；2006年6月22日，楊碧川完成諷刺小說《毀滅民進黨計畫》，諷刺民進黨早在組黨時就已繼承國民黨的「貪婪、狠毒、狡詐」；日後這兩篇小說在百萬人民倒扁運動時期在網路上廣為流傳。2006年7月25日，親綠學者715聲明〈民主政治和台灣認同的道德危機：我們對總統、執政黨和台灣公民的呼籲〉公布第2波連署名單，楊碧川入列；楊碧川說，很多人都邀請他加入民進黨，但是他拒絕加入民進黨^[8]。

2006年7月26日，《中國時報》破天荒刊登楊碧川全版專訪，楊碧川暗批民進黨「用愛本土為藉口，做得比國民黨更爛」，震驚獨派^[7]；同日，《聯合晚報》刊登楊碧川專訪，楊碧川說，陳水扁政府執政這五、六年來，民進黨的政治人物與支持者散播「反對民進黨貪腐，那就是反台灣人」的論調，「老天有眼」讓大家看到民進黨的虛偽及法西斯的出現，民進黨根本不是台獨政黨，民進黨與國民黨毫無差異，所以他未曾加入民進黨，他也不認為民進黨是本土政黨^[9]。

2007年12月30日，勞工運動人士邱毓斌回憶，當他剛開始就讀大學時，剛成立的民進黨中央黨部就在離他居住的宿舍不到一公里的台北市建國北路上，「有一天，一個留著山羊鬍子的先生出現在我們那個集合了文藝青年的社團辦公室，問我們有沒有興趣瞭解台灣史；從此，這位先生每周一次抱著自編講義來義務上課，告訴我們清朝的『三年一反、五年一亂』、日治時代的文協與台共。他是楊碧川，一個高中還沒畢業就進到綠島的政治犯，一個自費搭夜車奔波於南北各校園義務講述台灣史的民間學者。因為這個人，當年許多文藝青年就此踏上了實踐改革的道路。」^[10]

2010年4月30日，楊碧川應邀出席台灣團結聯盟台北市黨部在台北市一郎餐廳舉行的募款餐會暨「台北市白領反ECFA聯盟誓師大會」^[11]。

2010年9月至2011年6月，楊碧川在世新大學開設3個通識教育課程：99學年度上學期開「當代社會思潮」、99學年度下學期開「現代社會」與「台灣史」。^[12][13]

2012年8月31日，楊碧川擔任國家人權博物館籌備處「監獄之島：柯旗化與他的《臺灣監獄島》」座談會主講人^[14]。

2013年6月6日，全美台灣人權協會宣布，本年「鄭南榕紀念獎」得獎人為楊碧川^[15]。

2015年3月26日，楊碧川在明目書社講自己服刑的故事，他說，服刑期間他曾被關在獨居房裡四年，每天的放風時間只有15分鐘，渡過漫長日子的方式是「每天把自己當導演，排練一幕一幕的電影」；服刑期間他曾與黃華同房，有一次黃華打坐時，他看到黃華身體懸空而起^[16]。

2019年4月24日，促進轉型正義委員會邀請楊碧川、律師謝穎青及台大社會系教授林國明三位1980年代校園監控（安苑專案）當事人，前去閱覽當年自己被監控的檔案。這是政府首度對當事人揭露並邀請閱覽監控檔案，不但具重要歷史意義，更是還原真相的重要一步。因政治案件繫獄的楊碧川出獄後，當時在諸多大學社團擔任台灣史講師，被監控期間長達廿年，因而留下大量檔案。楊碧川更在檔案中發現，情治單位為了監控他，在他家附近買了一間房子，甚至趁他外出時潛入，將書籍拍照、記錄室內格局。楊碧川說：「表示（情治機關）有進來，把你的生活起居整個都拍下了。」被採訪時，楊碧川回憶當年：「嚇我是沒有什麼了不起，（威權政府）他是要把我旁邊的人嚇壞。」促轉會9分鐘紀錄片：《不是自己寫的日記》。^[17]